Le Secrétariat a été établi au siège de la Commission à Hobart, en Tasmanie. Les relations entre la Commission et le gouvernement australien concernant les activités de la CCAMLR en Australie sont régies par l’accord de siège. En collaboration avec le gouvernement de l’État de Tasmanie, le gouvernement australien met des locaux à la disposition du Secrétariat.

Le Secrétariat soutient les travaux de la Commission et du Comité scientifique. Ses missions consistent notamment à assurer la liaison avec les membres de la Commission et du Comité scientifique, les responsables administratifs et le pays hôte, l’Australie ; à faciliter la communication avec et entre les Membres, à produire et à diffuser des publications ; à recevoir et à gérer les données scientifiques de la CCAMLR et à soutenir les travaux du Comité scientifique ainsi que ses programmes de suivi scientifique ; à assurer le suivi des activités de pêcherie menées dans la zone de la Convention, à gérer le budget de la Commission et à prêter son concours aux réunions de la Commission et du Comité scientifique. Son fonctionnement s’appuie sur un plan stratégique quadriennal approuvé par la Commission.