Personnel et plan stratégique
Le Secrétariat est dirigé par un secrétaire exécutif et comprend cinq pôles :
- Le pôle Science apporte un soutien scientifique, technique et administratif aux travaux du Comité scientifique et de ses organes subsidiaires. Il analyse les données scientifiques et halieutiques destinées à être examinées par le Comité scientifique et gère divers programmes de suivi et de renforcement des capacités scientifiques mis en place par le Comité scientifique.
- Le pôle Suivi et conformité des pêcheries prête son concours au Comité permanent sur l'application et l'observation de la réglementation, en assurant la gestion et le suivi des pêcheries dans les eaux de la CCAMLR ainsi que le contrôle de l’application des mesures de conservation.
- Le pôle Communication offre un soutien logistique et technique au fonctionnement de la Commission dans ses quatre langues officielles, notamment en assurant la gestion et la traduction de tous les documents soumis dans le cadre des réunions des organes de la CCAMLR ou issus de celles-ci, la gestion du site web public et de l'ensemble du contenu destiné au public, ainsi que la communication avec les Parties contractantes.
- Le pôle Données et systèmes d'information apporte son concours à l'acquisition, la gestion et la diffusion des données de la CCAMLR par la fourniture et la gestion de systèmes de données et d'information fiables, rentables et sécurisés.
- Le pôle Finances, administration et ressources humaines gère les ressources financières de la CCAMLR, soutient les travaux du Comité permanent sur l'administration et les finances, assure les services de gestion du personnel, notamment en matière de politiques et de procédures sur le lieu de travail, et veille sur les biens matériels de la CCAMLR.

Plan stratégique
Le plan stratégique du Secrétariat de la CCAMLR (2023-2026) présente de manière détaillée la vision, la mission et les objectifs du Secrétariat, ainsi que les rôles et responsabilités de ce dernier.
Il décrit par ailleurs les services fournis par le Secrétariat et constitue un outil de suivi de ses performances à l'intention des Membres et des autres parties prenantes.