Комиссия учредила Секретариат в своей штаб-квартире в Хобарте (Тасмания, Австралия). Взаимоотношения между Комиссией и правительством Австралии в части деятельности АНТКОМ на территории Австралии регулируются Соглашением о штаб-квартире. Совместно с правительством штата Тасмания австралийское правительство предоставляет служебные помещения для Секретариата.

Секретариат обеспечивает поддержку деятельности Комиссии и Научного комитета. В его функции входят: взаимодействие с членами Комиссии и Научного комитета, должностными лицами АНТКОМ и принимающим государством — Австралией; содействие коммуникациям между странами-членами АНТКОМ; подготовка и распространение публикаций; приём, хранение и управление научными данными АНТКОМ; поддержка деятельности Научного комитета и его научных программ мониторинга; мониторинг промысловой деятельности в зоне действия Конвенции; управление бюджетом Комиссии; организационное обеспечение заседаний Комиссии и Научного комитета. Деятельность Секретариата осуществляется на основе четырёхлетнего Стратегического плана, утверждаемого Комиссией.