Dans la zone de la Convention, les activités sont réglementées en tenant compte d'une approche écosystémique et de précaution. La Commission adopte des mesures de conservation pour réglementer les activités conformément à l'article IX de la Convention CAMLR en ce qui concerne notamment les limites de capture, les engins de pêche et autres questions d’ordre opérationnel. 

Elle met également en œuvre une gestion spatiale. La Commission a divisé la zone de la Convention en plusieurs zones plus petites, chacune étant soumise à des exigences de gestion spécifiques. Certaines zones sont fermées à certains types d'activités de pêche. Par exemple, les sous-zones 48.1 et 48.2 sont fermées à la pêche aux poissons, mais la pêche au krill y est autorisée. D'autres sont ouvertes à la pêche sous réserve des dispositions des mesures de conservation, y compris, entre autres, les périodes de pêche, les limites de capture saisonnières, les données devant être collectées, les restrictions sur les captures accessoires de poissons et les exigences concernant les mesures d'atténuation des captures accessoires. 

Outre cette approche générale visant à définir les mesures de gestion spatiale, la CCAMLR a mis en place deux approches spécifiques afin d'assurer la protection spatiale des écosystèmes marins par la définition d'aires marines protégées et d'écosystèmes marins vulnérables.