La Comisión estableció su sede de Hobart, Tasmania, y allí se encuentra la Secretaría. El Acuerdo de Sede entre la Comisión y el gobierno de Australia rige las relaciones entre la Comisión y el gobierno de Australia con relación a las operaciones de la CCRVMA en Australia. En coordinación con el gobierno del Estado de Tasmania, el gobierno australiano provee a la Secretaría de un espacio para el desarrollo de sus actividades.

Las funciones de la Secretaría consisten, esencialmente, en apoyar las labores de la Comisión y del Comité Científico. Estas incluyen el contacto y la coordinación con los Miembros de la Comisión y del Comité Científico, los titulares de los cargos y el país anfitrión, Australia; facilitar las comunicaciones con y entre los Miembros; elaborar y distribuir las publicaciones pertinentes; recibir y administrar los datos científicos de la CCRVMA y apoyar la labor del Comité Científico y sus programas de seguimiento científico; supervisar las pesquerías que operan en el Área de la Convención; gestionar el presupuesto de la Comisión; y ofrecer servicios de apoyo a las reuniones de la Comisión y del Comité Científico. La Secretaría desarrolla su labor basándose en un plan estratégico cuatrienal aprobado por la Comisión.