Les décisions de la Commission s’appuient sur les avis scientifiques émis par le Comité scientifique et ses groupes de travail. Les Membres mènent des recherches, souvent dans le cadre de collaborations, sur de nombreux sujets, tels que l’écosystème et l’environnement physique de l’Antarctique, l’écologie d’organismes clés, ainsi que l’impact des pêcheries sur les espèces visées et l’écosystème. La CCAMLR définit également les données que doivent fournir les navires de pêche et les observateurs scientifiques à bord de ces navires. Une grande partie de la zone couverte par la Convention CAMLR se trouve en haute mer. Par conséquent, les données sont regroupées à partir des contributions de plusieurs Membres en vue de leur analyse et les résultats sont examinés lors des réunions des groupes de travail et du Comité scientifique.
La CCAMLR a mis en place plusieurs programmes de suivi à long terme des pêcheries et de l'environnement, qui sont gérés par le Secrétariat, notamment les programmes suivants :
- Système international d'observation scientifique (SISO)
- Programme de marquage des légines
- Programme de contrôle de l'écosystème de la CCAMLR (CEMP)
- Répertoire d'informations sur les AMP de la CCAMLR (CMIR)
- Programme de suivi des débris marins
- Registre des écosystèmes marins vulnérables (EMV)
Le Comité scientifique fournit des avis à la Commission, qui élabore des mesures de conservation visant à gérer les pêcheries à l'aide d'outils, tels que les limites de capture, les mesures de gestion spatiales et temporelles, la désignation d'aires marines protégées et les obligations en matière de collecte de données. Le Comité scientifique renforce également les capacités scientifiques des Membres en soutenant financièrement des étudiants par le biais du Programme de bourse scientifique de la CCAMLR et d’autres fonds à vocation scientifique, afin d’aider les Membres à fournir les informations nécessaires à l’élaboration de ses avis.