Кадровое обеспечение и стратегическое планирование
Секретариат АНТКОМ возглавляет Исполнительный секретарь. В структуру входят пять отделов:
- Научный отдел оказывает техническую и административную поддержку Научному комитету и его вспомогательным органам. Он проводит анализ научных и промысловых данных для рассмотрения Научным комитетом, а также поддерживает различные программы мониторинга и наращивания научного потенциала, разработанные Научным комитетом.
- Отдел промыслового мониторинга и соблюдения оказывает поддержку Постоянному комитету по выполнению и соблюдению (СКИК), осуществляет администрирование и мониторинг промысловой деятельности в водах АНТКОМ, а также контроль соблюдения мер по сохранению.
- Отдел коммуникаций обеспечивает логистическую и техническую поддержку работы Комиссии на четырех официальных языках, включая организацию и перевод всех документов, представленных на совещания и полученных с совещаний органов АНТКОМ, управление открытым веб-сайтом и всем публичным контентом, а также перепиской с Договаривающимися cторонами.
- Отдел информационных систем и обработки данных обеспечивает сбор, хранение и распространение данных АНТКОМ посредством надёжного, экономически эффективного и безопасного управления информационными системами и базами данных.
- Отдел финансов, администрации и кадровых ресурсов осуществляет управление финансовыми ресурсами АНТКОМ, оказывает поддержку работе Постоянного комитета по администрации и финансам (СКАФ), обеспечивает кадровое сопровождение, включая разработку и применение внутренних принципов и процедур, а также отвечает за управление материальными активами АНТКОМ.

Стратегический план
Стратегический план Секретариата АНТКОМ (2023–2026 гг.) описывает концепции, миссию и цели Секретариата, а также роли и обязанности, выполняемые Секретариатом.
Кроме того, в Стратегическом плане обозначены услуги, предоставляемые Секретариатом странам-членам и заинтересованным сторонам, и средства, позволяющие странам-членам (и не только им) следить за работой Секретариата.