Процесс принятия решений Комиссией основывается на научных рекомендациях, предоставляемых Научным комитетом и его рабочими группами. Страны-члены проводят исследования, часто совместно, по многим вопросам, таким как экосистема и физическая окружающая среда Антарктики, экология ключевых организмов, а также влияние промысла на целевые виды и экосистему. АНТКОМ также определяет, какие данные должны предоставляться промысловыми судами и фиксироваться научными наблюдателями на этих судах. Поскольку значительная часть зоны действия Конвенции расположена в открытом море, данные, полученные различными странами-членами АНТКОМ, объединяются для проведения анализа, результаты которого рассматриваются на заседаниях рабочих групп и Научного комитета. 

Комиссия разделила зону действия Конвенции на ряд более мелких районов, в каждом из которых действуют собственные правила управления. Некоторые районы закрыты для определенных типов промысловой деятельности. Другие районы открыты для промысла, но на них распространяются требования мер по сохранению.

Меры АНТКОМ по сохранению включают системы и инструменты мониторинга и контроля за соблюдением, обеспечивающие ведение промысла в зоне действия Конвенции в соответствии с принципами сохранения, закреплёнными в Конвенции.