Деятельность в зоне действия Конвенции регулируется на основе экосистемного и предохранительного подходов. Комиссия принимает меры по сохранению для регулирования деятельности в соответствии со статьей IX Конвенции АНТКОМ. Помимо прочего, эти меры касаются ограничений на вылов, орудий лова и других оперативных вопросов.

Она также занимается вопросами пространственного управления. Комиссия разделила зону действия Конвенции на ряд более мелких районов, в каждом из которых действуют собственные правила управления. Некоторые районы закрыты для определенных типов промысловой деятельности. Например, подрайоны 48.1 и 48.2 закрыты для промысла рыбы, но в них разрешен промысел криля. Другие районы открыты для промысла, но на них распространяются требования мер по сохранению, касающиеся, помимо прочего, разрешенных периодов ведения промысла, сезонных ограничений на вылов, требуемых данных, ограничений на прилов рыбы, а также требования о сокращении прилова.

Помимо данного общего подхода к мерам пространственного регулирования АНТКОМ реализует два узконаправленных подхода для защиты морских экосистем: определение Морских охраняемых районов и Уязвимых морских экосистем.